Происходил из дворянской семьи, находившейся на службе удельного князя Бориса Волоцкого. Прадед богослова Александр Саня был православным выходцем из Литвы. В Великом княжестве Московском Санины владели селом Язвище в удельном Волоцком княжестве. Иван первым в семье принял постриг, но позднее перешли в монашество все три его брата, отец и три племянника. С восьми лет учился грамоте у старца Арсения в Волоцком Крестовоздвиженском монастыре.
Около1459 года в возрасте около 20 лет вместе с товарищем из того же сословия Борисом Кутузовым решили принять монашество. Санин сначала направился в Саввин монастырь в Твери, но быстро покинул его и перешёл в Боровск вобитель Пафнутия Боровског, отличавшуюся своими богатствами, где прожил 18 лет, под руководством Пафнутия. В обитель пришёл и престарелый отец Санина, который жил с ним в одной келье и за которым Иосиф ухаживал 15 лет.
В 1477 году, после смерти преподобного Пафнутия, монах Иосиф назначается игуменом монастыря. Однако из-за конфликта с братьями он вынужден покинуть обитель. В конфликт вмешивается великий князь Иван III и в 1479 году Иосиф на короткое время возвращается на свой пост, но в том же году он решает основать собственный Иосифо-Волоколамский монастырь. «Иосиф охотно принимал в свой монастырь постриженников других монастырей». Сохранились свидетельства, что Иосиф принимал в монастырь голодавших, он «повелел расходовать на помощь голодающим все запасы монастыря и занимать деньги на покупку хлеба, не считаясь с ропотом братии».
Иосиф с самого начала пользовался поддержкой удельного князя Бориса Волоцкого. Иосиф был крестным отцом и духовником его сына князя Ивана Рузского. 1 июня он вернулся в родное княжество, князь сразу выделил строителей и первая деревянная церковь была заложена 6 июня, а 15 августа завершена. Каменный храм был завершен за 5-6 лет, расписывал его иконописец Дионисий . Монастырь, руководимый Иосифом, отличался особой строгостью поведения.
В последние годы жизни тяжело болел. Скончался 9 сентября 1515 года.